أنشئت الهيئة بقرار المجلس الرئاسي لحكومة الوفاق الوطني رقم (092) لسنة 2020م، بتعديل القرار رقم (505) لسنة 2022 والقرار رقم (361) لسنة 2022م، بشأن اعتماد الهيكل التنظيمي واختصاصات الهيئة العامة للبحث والتعرف على المفقودين.                   
يتكون الهيكل الإداري للهيئة من:

• 7 إدارات فنية وإدارية.
• 7 مكاتب متخصصة.

يعمل بالهيئة حتى نهاية عام 2022م:

• 194 موظفًا وموظفة (بموجب القرار رقم 27 لسنة 2020م).
• 156 موظفًا يتقاضون رواتبهم بانتظام.
• 22 موظفًا منتدبًا.

أهمية عمل الهيئة

تسخر الهيئة كل الإمكانيات المتاحة للتصدي لظاهرة الاختفاء وتحديد مصير الأشخاص المفقودين على التراب الليبي، سواء نتيجة الحروب أو الاختفاء القسري أو الهجرة غير النظامية. كما نعمل على:

• المقابر الجماعية: الحفاظ عليها، توثيقها، وإعادة الدفن بالطرق الشرعية.
• دعم الأسر: احترام حقوق عائلات المفقودين ودعمهم نفسيًا واجتماعيًا.
• المصالحة الوطنية: المساهمة في تحقيق العدالة الانتقالية وترسيخ سيادة القانون.